המילה מִנְהָרָה, הרגילה כל כך בימינו, מופיעה בתנ"ך פעם אחת בלבד – בתיאור המחבואים והביצורים שעשו ישראל מפני המדיינים: "מִפְּנֵי מִדְיָן עָשׂוּ לָהֶם בְּנֵי יִשְׂרָאֵל אֶת הַמִּנְהָרוֹת אֲשֶׁר בֶּהָרִים וְאֶת הַמְּעָרוֹת וְאֶת הַמְּצָדוֹת" (שופטים ו, ב). משמעה המקורי של המילה אינו ברור, אך הוצעו לה כמה פירושים על פי שורשה ועל פי ההקשר בכתוב.

יש שפירשו מִנְהָרָה מלשון נָהָר – מערה ארוכה ומפותלת שצורתה כצורת נהר או בקיע שנוצר בסלע על ידי זרימה של מים. אחרים פירשו זאת מלשון נְהָרָה (=אוֹר) – מערה שבתקרתה יש  פתח שהאור חודר דרכו (רד"ק פירש כך גם את המילה המקראית היחידאית מְאוּרָה – משורש או"ר). לפי הסבר אחר, המבוסס גם הוא על המשמע 'אור', מדובר במגדל צופים שממנו השיאו משואות להזהיר מפני האויב המתקרב.

בתקופת ההשכלה השתמשו הסופרים העבריים במילה מִנְהָרָה בכמה משמעויות, ובהן 'מרתף', 'נקיק' ו'נקרה' (מערה טבעית בסלע). אליעזר בן־יהודה אף מעיד במילונו שבימיו נעשה שימוש במילה מִנְהָרָה לתרגום המילה מִינָרֵט – צריח מסגד (ראו בהרחבה למטה). אך בסופו של דבר התקבעה המילה מִנְהָרָה במשמעות tunnel – מחילה רחבה מעשה ידי אדם המשמשת למעבר של כלי רכב ועוד.

מן המילה מִנְהָרָה נגזר המונח מִנְהוּר המציין חפירת מנהרות (למונח גם שימושים מושאלים בפיזיקה ובמחשבים).

הרחבה – מנהרה ומינרט

המילה הלועזית מִינָרֵט (minaret), שמשמעה צריח מסגד, היא הגרסה הטורקית של המילה הערבית מַנַארַה (כשמו הערבי של רכס רָמִים – צוק מנרה). מילה ערבית זו גזורה מן השורש נו"ר – אחיו של השורש נה"ר – כמו המילים העבריות נֵר, מְנוֹרָה ועוד. מַנַארַה היא ביסודה מעמד למנורה, ומכאן גם מגדלור וכן מגדל הדומה למגדלור. השימוש במילה מִנְהָרָה במשמעות צריח מסגד התבסס כנראה על דמיון הצליל למילה הערבית וכן על הפרשנות שמִנְהָרָה היא מגדל להשאת משואות (סביר שפרשנות זו עצמה מקורה בדמיון המילים מִנְהָרָה ומַנַארַה).