בעשורים הראשונים לכינונו של מפעל המילון ההיסטורי שקדנו בעיקר על עיבוד ספרות העת העתיקה וספרות תקופת ההשכלה. הספרות העברית שנכתבה בין המאה האחת עשרה למאה השמונה עשרה ניכרה בחסרונה, והגיעה העת למלא את החלל של ספרות רבת ערך זו. מאחר שבימי הביניים היה הפיזור הגאוגרפי של מרכזי התרבות היהודית נרחב, וספרות התקופה רחבת היקף ומגוונת, החלטנו לעבד רק מבחר מן החיבורים.
פרוזה
בשנת 2009 החלה העבודה על מבחר מחיבורי הספרות הרבנית מן המאה האחת-עשרה ואילך. זו הסוגה המחזיקה את עיקר הכתיבה העברית של התקופה, והשפעתה על לשון הדורות הבאים מכרעת. בחיבורים ייכללו ספרי הלכה, פרשנות ודרוש ממסורות שונות ומתקופות שונות. בהמשך יעובדו חטיבות ספרות נוספות, ובראשן ספרות המדע וספרות התרגום. העבודה כעת מתמקדת ביצירותיהם של רש"י ורמב"ם.
שירה
שירת ספרד, הנחשבת בעיני רבים לשיאה של השירה העברית, השתמרה אצל גולי ספרד בפיוטיהם ובהעתקותיהם לשירי החול. היא השפיעה על מרכזי שירה אחרים – תימן, איטליה ואפילו אשכנז – וחשיבותה נודעה גם מחוץ לעולם היהודי. שירתם של משוררי ספרד הראשונים (ובהם דונש בן לברט, מנחם בן סרוק ותלמידיהם) כבר מצויה במאגר. כעת מעובדות יצירות "תור הזהב" של המאה האחת-עשרה והשתים-עשרה: כל שיריו של שמואל הנגיד – מגדולי משוררי התקופה – כבר מצויים במאגר, ועתה מותקנות גם כל יצירותיהם של משה אבן עזרא, שלמה אבן גבירול ויהודה הלוי.
