יסודם של כללי הפיסוק המובאים פה בכללי הפיסוק של ועד הלשון (ראו לשוננו יב [תש"ד], עמ' 252–263).
בשנת תשמ"ד (1984) כוננה האקדמיה את ועדת הפיסוק, וחבריה היו עוזי אורנן (יו"ר), אהרן אמיר, אהרן מגד, שמשון מלצר, יזהר סמילנסקי, מנחם צבי קדרי ואליעזר רובינשטיין; מזכיר הוועדה – יגאל ינאי. הצעת הוועדה הובאה לפני ועדת הדקדוק ולפני ועד הדקדוק, ונדונה בישיבות המליאה קצט, רא, רב, רד ורז בשנים תשנ"א–תשנ"ג (זיכרונות האקדמיה לח-לט-מ לשנים אלו). הכללים אושרו סופית בישיבה רז של מליאת האקדמיה ביום י"ד בכסלו התשנ"ג (9 בדצמבר 1992). המזכירות המדעית ניסחה את הכללים ניסוח סופי והוסיפה דוגמאות.
שר החינוך והתרבות אמנון רובינשטיין חתם על כללי הפיסוק החדשים ביום כ"ו בטבת התשנ"ד (9 בינואר 1994), והם פורסמו ברשומות (ילקוט הפרסומים 4195, י"ג באדר התשנ"ד, עמ' 2410–2434).
לקראת הדפסת מהדורה חדשה של הכללים בשנת תשע"ח (2017) – כעבור כחצי יובל מאז הפרסום הראשון של "כללי הפיסוק החדשים" בשנת תשנ"ג – נערכו הכללים עריכה קלה במזכירות המדעית של האקדמיה בעצה אחת עם ועדת הדקדוק: מקצת הדוגמאות הוחלפו וכמה ניסוחים שופרו לאור הניסיון שנצבר במהלך השנים. הנוסח החדש אושרר בישיבת מליאת האקדמיה ללשון העברית ביום י' במרחשוון תשע"ח, 30 באוקטובר 2017 (ישיבה שנה).