קיבוץ סופה החל את דרכו בשנת תשל"ד (1974) כהיאחזות נח"ל בשם 'סוכות' בפתחת רפיח שבחבל ימית, ומאוחר יותר בשנת תשל"ז (1977) הפך קיבוץ ונקרא שמו 'סופה' על שם סופות חול שמתחוללות באזור מפעם לפעם, ואולי בהשראת "סוּפוֹת בַּנֶּגֶב" שבספר ישעיהו (כא, א). לפי הסבר אחר הוא נקרא כך על שם כיבוש האזור כרוח סערה במלחמת ששת הימים. לאחר הסכם השלום עם מצרים עבר הקיבוץ בשנת תשמ"ב (1982) לחבל שלום.

סופה וסערה הן מילים נרדפות מלשון המקרא ועד ימינו. בלשון המקצועית שבפי החזאים והימאים נהוג להבחין בין השתיים (על פי מהירות הרוח וגובה הגלים): סערה היא gale וסופה היא storm. המילה סופה ידועה גם מפסוק סתום בשירה המקראית: "אֶת וָהֵב בְּסוּפָה" (במדבר כא, יד), ולפי אחת הדעות מדובר בשם של מקום. בספרות חז"ל נטען הפסוק, על דרך הדרש, במסר מעורר תקווה: סוֹפהּ של מחלוקת – אהבה וידידות.