קיבוץ נירים הוקם במסגרת 'אחת עשרה הנקודות בנגב' בשנת תש"ז (1946). הוא נקרא על שם גרעין 'ניר' של השומר הצעיר שהקים אותו ועבר הכשרה בקיבוץ ניר דוד שבעמק בית שאן. בשמו נקרא קרב עז במלחמת העצמאות, שבעקבותיו ננטש הקיבוץ ולאחר המלחמה חזר ונושב לא רחוק משם.

ניר הוא רכיב בשמם של יישובים חקלאיים רבים בארץ – קיבוצים ומושבים – ובכלל זה שישה יישובים בנגב, ונירים הוא ראש וראשון להם. ניר יוצא לכמה פירושים: 'שדה חרוש', 'שדה שנועד לחרישה', 'תלם שנחרש'. בספרות חז"ל שְׂדֵה נִיר הוא שדה חרוש, והוא נבדל משדה בּוּר מצד אחד ומשְׂדה זֶרַע (שדה זרוע) מצד אחר.