הקיבוץ ניר יצחק נקרא בתחילה 'דנגור' (על שם הרב שלום דנגור, גואל אדמות בנגב המערבי), 'קיבוץ ט"ו' (על שם היותו הקיבוץ החמישה עשר של השומר הצעיר) ו'בית ניר' – אך הוא שינה את שמו בשנת תשי"ג ל'ניר יצחק' – על שמו של יצחק שדה, ממייסדי הפלמ"ח ומפקדו הראשון ומראשי חטיבת הנגב שלחמה באזור זה.

מקור המילה נִיר בתנ"ך, כך למשל בנבואת ירמיהו: "נִירוּ לָכֶם נִיר וְאַל תִּזְרְעוּ אֶל קוֹצִים" (ד, ג), וניתנו לה כמה פירושים: 'שדה חרוש', 'שדה שנועד לחרישה', 'תלם שנחרש'. במקרא ניר היא גם צורת משנה של נֵר, ובהשאלה במשמעות של כוח ושלטון (מעין הזוהר שבשררה), כגון "וְלִבְנוֹ אֶתֵּן שֵׁבֶט אֶחָד לְמַעַן הֱיוֹת נִיר לְדָוִיד עַבְדִּי כָּל הַיָּמִים" (מלכים א יא, לו). הרכיב ניר רווח בשמות של יישובים חקלאיים, ובהם ארבעה קיבוצים בנגב המערבי: ניר עם, ניר יצחק, ניר עוז ונירים.