קיבוץ מגן נוסד בקיץ תש"ט (1949) לרגלי מִשְׁלָט הצופה על כל סביבתו, אתר קרבות במלחמת העצמאות. יש מי שזיהה מקום זה עם בְּתוּאֵל המקראית הנזכרת ברשימת ערי שמעון, אבל הזיהוי נחשב מסופק. כיישוב סְפר שמו של הקיבוץ ניתן לו על פי אחד מסמלי ההגנה הקדומים.

המילה מָגֵן מציינת כלי המשמש להגנה, ככתוב: "עִרְכוּ מָגֵן וְצִנָּה וּגְשׁוּ לַמִּלְחָמָה" (ירמיהו מו, ג). המילה גזורה מן השורש גנ"ן, ויש להבחין בין צורת הבינוני מֵגֵן (צורת הרבים מְגִנִּים) ובין שם העצם מָגֵן (צורת הרבים: מָגִנִּים). מָגן דוד גם הוא סוג של מָגֵן, וברבים – מָגִיני דוד. יישוב אחר הנושא את השם מגן הוא המושב מָגֵן שָׁאוּל שבהר הגלבוע, על פי הצירוף המופיע בקינת דוד בראש ספר שמואל ב'.