מושב מרגליות נוסד בשנת תש"י (1951) במרומי הרי נפתלי שבגליל העליון. הוא נקרא בשמו של הממונה על ההתיישבות בגליל של חברת ההתיישבות העברית יק"א (JCA), חיים מרגליות (קלווריסקי), שעשה רבות למען ההתיישבות בצפון הארץ (ונפטר כמה שנים קודם לכן).

למילה מרגלית יש צליל עברי – היא פותחת בתחילית מ־ ומסתיימת בסופית ־ית – ואולם היא מילה שלשון חז"ל שאלה מן היוונית – μαργαρίτης (באותיות לטיניות: margarites) 'פנינה' (מכאן השם הפרטי מרגריטה ודומיו בלשונות אירופה). העיצורים השוטפים למנ"ר עשויים להתחלף ביניהם, ולצד הצורה מרגלית, אפשר למצוא בארמית של התלמוד הבבלי גם את הצורה מרגניתא (ומכאן שם הפרח מרגנית).