קיבוץ דפנה נוסד בל"ג בעומר תרצ"ט (1939) בעמק החולה, ראשון ליישובי 'מצודות אוסישקין', אשכול יישובים באצבע הגליל שעלו לקרקע במבצע חומה ומגדל בעקבות מאורעות תרצ"ו–תרצ"ט. בתחילה נקרא שמו אוסישקין א', כשמו של הוגה המבצע, ואולם חברי הקיבוץ ביקשו להיקרא בשמו של יישוב קדום (ששרידיו נמצאו בסמוך), המזוהה עם "דפני של אנטוכיה" שנזכר בספרות חז"ל ובכתבי יוסף בן־מתתיהו. בחלק מתרגומי המקרא בא השם 'דפני' תחת הָרִבְלָה, עיר בגבול הצפוני של הארץ המובטחת (על פי במדבר לד).

דַּפְנָה הוא שם נרדף לשם העץ עָר אָצִיל, ממייצגיו המובהקים של החורש הים־תיכוני. השם דפנה נשאל מן היוונית – Δάϕνη (באותיות לטיניות: Dafne). הוא נודע במיוחד הודות לצורה הסמלית של זרי הניצחון שקלעו היוונים הקדמונים מענפיו, ומכאן מטבע הלשון "נח על זרי הדפנה" במובן 'נהנה מן ההצלחה ואינו מתאמץ עוד'. שם הצמח דפנה מופיע בתלמוד הבבלי, בדרך כלל בטקסט הארמי בצורה 'דפנא', אבל עוד במקורות מוצאים את השם השמי־עברי עָר. בימינו השם היווני דפנה הוא השם העממי, ואילו עָר, הידוע מן העברית, הארמית והערבית, נקבע כשם הרשמי.