תש"ס (1999): מוקם המדור לספרות הגאונים

מוקם המדור לספרות הגאונים, העוסק בספרות התקופה של 250 השנים שבין 800 ל-1050 לסה"נ.
'גאון' היה התואר של ראשי ישיבות סורא ופומבדיתא בבבל ושל ראשי ישיבות ארץ ישראל מסוף המאה השביעית ועד אמצע המאה האחת-עשרה – תקופה הידועה בתולדות העם היהודי כתקופת הגאונים. הגאונים היו הסמכות ההלכתית העליונה. הם עסקו בפירוש התלמוד כפי שקיבלו אותו מהסבוראים (מסבירים, חכמי ישיבות בבל) וקודמיהם האמוראים (חכמי התלמוד שפעלו בתקופה שמתום חתימת המשנה בידי רבי יהודה הנשיא ועד לחתימת התלמוד). הגאונים התמקדו בהנחלת פירושם לתלמוד במטרה להשפיע על אורח חיי החברה והדת של העם היהודי בפזורה.

עבודת המדור מתמקדת בהתקנת איגרות, שו"תים (שאלות ותשובות), ספרי הלכות ופירושם לתלמוד, שנשתמרו הן בכתבי יד הן בקטעי גניזה.